Immagino tu lo sappia che un disco montato e in uso non puoi formattarlo eh.
Su Ubuntu mettevo la chiavetta, cliccavo con il tasto destro e sceglievo formatta; mi usciva una finestra che permetteva di scegliere il nome e se doveva essere FAT, ecc.
Comunque ho installato gparted ed il formatta non c'è.
Cmq il comando da terminale è
sudo rm -f /var/lib/apt/lists/lock
Ho ridato sudo apt-get update, senza quel comando che hai scritto, e stavolta non mi ha dato errori.