La bandana in origine era una semplice citazioni ai personaggi di "guerra" dei film occidentali, da Rambo, al Cacciatore, allo stesso Terminetor. Cioè la bandana era solo un elemento usato dai soldati per tenersi su i capelli, quindi per Solid Snake in origine la motivazione per cui la portava era più quella, cioè non aveva uno scopo simbolico. Ovviamente però, diventando Solid Snake un personaggio di successo anche la sua bandana è divenuta un'icona leggendaria e hanno preferito caratterizzarla oltre che renderla solo elemento estetico.
In MGS3 si sono voluti inventare che anche Big Boss indossasse la bandana (anche se era per renderlo il più possibile simile a Snake, perché dopo MGS2 non si poteva rischiare con un personaggio nuovo o comunque diverso da Solid Snake) e quindi è nata sto tramando da parte di The Boss (anche se in origine la bandana forse serviva solo a tenerle su i capelli anche a lei, essendo dopo. Difatti, dopo che Naked gli ruba la bandana se li deve legare i capelli). In ogni caso da lì in poi Naked Snake la indossa come totem dedicato a The Boss (come fa Meryl in MGS4, in cui indossa la bandana che hanno trovato sulla motoslitta per portarsi sopra la figura del suo eroe)
Secondo questa "nuova timeline" coincidenza delle coincidenze vuole appunto che anche Solid Snake indossi una bandana praticamente identica. Quindi le cose appunto sono due, o la "prende" dal padre (dopotutto anche Big Boss "tradisce" Snake nello stesso modo, quindi il trauma è simile se non identico, ed è palese abbia la stessa reazione... anche perché Naked Snake ricicla molto da Solid ed è palese che la cosa è ricambiata... basti vedere come in MGS4 ci siano molte citazioni a Naked in ciò che fa Solid, e così sarà se dovesse ricomparire in futuri capitoli come i remake)
Quindi molto probabilmente la prenderà da Big Boss, forse proprio quando scopre il suo doppio gioco e tradimento, oltre che vivere lo stesso conflitto emotivo che aveva vissuto suo padre da giovane.
Un'altra opzione è che sia Gray Fox a dargliela, perché pure Fox ne indossava una (anche se rossa, a meno che nei remake non cambino colore) anche perché bisogna considerare che Snake vive un doppio trauma al contrario di Naked, e stermina due figure per lui importanti (uno è suo padre e maestro... l'altro è Fox che è comunque il suo "miglior amico", difatti in mgs2 lo definisce "my best friend") e indossavano entrambi una bandana, quindi può darsi che anche lui la indossi per ricordarsi di loro e portarsi avanti il suo peccato così come l'incisione che Dio fece a Caino.